Les dirigeants d'Amesys et Nexa sont poursuivis pour « complicité de tortures », ceux de Nexa l'étant également pour « disparitions forcées ». Ces mises en examen font suite à deux plaintes distinctes déposées en 2011 et 2017 par la Fédération internationale pour les droits humains (FIDH) et de la Ligue des droits de l’Homme (LDH).